一、48道基因合成仪设备相关误差：
1. 加样系统误差
移液精度波动：
不同通道的移液泵或阀可能存在差异，导致加样量不一致（如碱基单体分配不均）。
长期使用后，移液部件磨损或堵塞，造成体积偏差。
交叉污染：
通道之间密封性不足，导致液体残留或挥发物扩散，引起碱基或酶污染。
2. 温度控制误差
反应体系温差：
48通道加热模块的温度均匀性不足，部分孔位温度偏高或偏低，影响延伸效率。
升温/降温速率不一致，导致PCR或连接反应不同步。
热盖压力不均：
热盖与反应板接触不紧密，部分孔蒸发严重，改变反应体系体积。
3. 检测系统误差
荧光/吸光度检测偏差：
不同通道的光学检测器灵敏度差异，导致对合成效率的判断失误。
背景噪声干扰（如荧光淬灭或散射），影响实时监测准确性。
4. 机械故障
磁珠分离或振荡混匀不均：
磁力模块磁场强度差异，导致磁珠回收效率不同，影响洗涤或纯化效果。
振荡频率或时间不一致，导致反应混合不充分。
二、48道基因合成仪的操作与流程误差：
1. 程序设置错误
参数输入偏差：
合成周期（如延伸时间、变性温度）设置不当，导致片段长度或错配率升高。
未根据模板类型（如GC含量高、二级结构）调整参数。
自动化脚本漏洞：
多步骤程序（如切割、连接、纯化）衔接不当，导致反应中断或过度处理。
2. 样本加载问题
加样顺序或位置错误：
人工加样时未按规范操作（如未更换枪头），引入外源DNA污染。
不同通道的起始物料量差异（如引物浓度不同），导致合成效率不均。
3. 纯化与回收效率低
磁珠或硅胶膜纯化损失：
纯化过程中小片段DNA（如短寡核苷酸）吸附损失，降低产量。
洗涤不彻*，残留盐或杂质抑制后续反应。
